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《恋离飞翼》剧情紧接着《虚空歌姬》，时间大约为第一部完结之后1个月，故事描述了主人公早乙女阿尔特他们与不明宇宙生物“Vajra”之间最后的战役。对于很多fans有所不满的“双飞”恋情，在本作中也将画上句号。阿尔特将在两位女主角——雪莉露·诺姆和兰卡之间做出一个选择。《剧场版 MacrossF》在当初制作时就预备做成上下两部，所以这部剧场动画也是《MacrossF》整个故事的完结篇。 西历2059年，计划寻找新天地的银河移民船团“macross frontier”上，一名以驾驶员为目标而努力的少年早乙女阿尔特感受到了前所未有的闭塞感。这个时候，位于银河顶端的歌姬雪莉露·诺姆来到船团举行巡回演唱会，阿尔特以及憧憬着雪莉露的少女兰花·李当天都来到了会场。 然而演唱会当中，却突然遭到重机架生命体的袭击。为了保护少女们，阿尔特登上了最新型可变战斗机VF-25。...。“千门八将”的龙四被华探长文雄与大师兄庞峰设局陷害入狱，女友方百合更被文雄抢去。五年后，龙四成为地位崇高的制片，有舒奇、麦基两位得力助手，还有一个刚相认的女儿丁小雨。师弟唐伟被杀，龙四锁定其徒弟阿朗所为，二人赌枱上对决。小雨向舞蹈老师百合倾诉暗恋新晋导演贺加俊，意外令百合、龙四重逢。百合偷去文雄的黑金帐簿准备私奔，文雄一怒下赶绝二人。龙四押送入狱途中被神秘人劫走，他们正策划一个捕兽笼，誓把文雄引入内。。